مرجع ديني شيخ محمد يعقوبي  (دام ظله) بر توحيد امت مسلمان ونزديك شدن مذاهب اسلامي تاكيد كرد وگفت : اين كار مبارك قران كريم وائمه اطهار (سلام الله عليهم)را دعوت كرده است ، كه براي موفق شدن اين سعي وكوشش بايد شامل برنامه هاي علمي وعملي داشته باشد ، كه ايشان هنگام استقبال جمعي از  طلبه عراقي در دانشگاه مذاهب اسلامي كه در ايران  تحصيل مي كنند بيان كرد كه برنامه هاي علمي بايد اطلاع هر گروهي از ديگر بصورت واقعي وفني ومنصفانه استفاده مي كند و پژوهش  بطور مقايسه دور از تعصب وتشنج  پرداخت شود ، كه اين برنامه ريزى در بسيار از سلف صالح انجام مي شد مثل كتاب “الخلاف” براي شيخ طوسي وكتاب  “تذكرة الفقهاء” و ” منتهى المطلب” براي علامه حلي كه علامه بروجردي به اين برنامه تشويق مي داد ودر بحث شريف خود پيش مي ‌ رود كه كاربردهاي زيادي از اين برنامه در بحث خودم بنام “فقه الخلاف”پيدا ميكنيد . واين برنامه در نزديك شدن ارا مسلمان و حذف موانع مصنوعی فيما بين خودشان كمك مي كند كه هر چه ديگران دارند  استفاده مي كند و این یک میراث بزرگي است نمی توان آن را نادیده گرفت علاوه بر به پژوهش  كمك مي كند وافاق واقعی از متون دینی براي  فهم متون شرعي  باز ميكند براينكه بسياري از انها به لحاظ هر چه  ديگران از فتاوى و نظرات، نگرش و روش های تفکر و رفتار دارند  كه اطلاع از انها يك محيط وشواهد كمكي براي فهميدن متن در محل  صحيح قرار داده شد فراهم می کند واينجانب انرا  در بسياري از موارد در ” فقه الخلاف” تجربه كردم ،  تاسيس دانشگاه مذاهب اسلامی گامي در راه راست جهت تقویت این برنامه( به خواست خدا )كمك مي كند و باید به مدارس مذهبی و دانشگاه هاي علمی را به حساب در کالج ها و ادارات مربوطه در تمام کشورهای مسلمان توجه داشته باشد ، .

اما در سطح گام های عملی حضرت اشاره به نیاز به اجتناب از تحریک و تحریک تفرقه و نفرت كه آن را از کار شیطان است  (إِنَّمَا يُرِيدُ الشَّيْطَانُ أَنْ يُوقِعَ بَيْنَكُمُ الْعَدَاوَةَ وَالْبَغْضَاءَ) سوره مائده :91 وعدم تحمل يك مذهب كامل عواقب از برخی اقدامات و اظهارات توسط برخی از مردم ، عدم تمرکز در اشتباهات در كتب به عنوان یک نتیجه از شرایط خاص تجربه شده توسط نویسنده، مانند اين مخالفات انجام نظر همه جامعه بیان نمی کند ، همه ما مراقب باشید از خرابكاراني كه دشمنان ما که می خواهند برای اخلال در وحدت و آتش جنگ بی معنی در میان ملت با سلاح فرقه  كه شديدترين سلاح گرایی در نظر گرفته شده است برای رسیدن به این اهداف بلند و کثیف و جنگ مخرب ايجاد ميكنند كه هیچ سودي يا زياني از طرفين متخاصم وجود ندارد كه دشمنان آنها اتش مي زنند و آن را به تداوم جهت  کاهش امكانات کشور و از بین بردن قابلیت های انسانی و مادی كار مي كنند.. لازم به ذکر است که دانشگاه مذاهب اسلامی در تهران و دارای واحدهاي متعددی در استان های ایران و دریافت هزاران نفر از طلبه از تمام مذاهب اسلامی از داخل و خارج ایران، و نماینده دانشگاه در عراق است یک لوح افتخاری و برخی از كتابهاي علامه مختاری به رئیس دانشگاه ارائه نموده است.